Запуск задания для Gaussian09 осуществляется командой subg09l (последняя буква - маленькая L от слова Linda):
subg09l <имя файла с данными>
Например,
subg09l test_h2o.com
Внимание: если файл с данными готовится в MS Windows, то после пересылки на кластер под Linux надо использовать команду dos2unix.
dos2unix <имя файла с данными>
Объяснение: MS Windows в конце каждой строки ставит два символа: "возврат каретки"+"конец строки" (в Unix должен быть только "конец строки"). dos2unix убирает символы "возврат каретки".
В момент постановки в очередь в ответе на запрос надо указать, в каком классе следует выполнять задание. Количество узлов и число процессов на каждом из них берутся из файла задания (параметры %nprocL и %nprocS, соответственно). При запуске в классе g6_q значение %nprocS не должно превышать 8, а при запуске в классе G7_q максимальное значение %nprocS равно 12. Независимо от величины %nprocS при запуске в классе g6_q на каждом из узлов в системе резервируется 8 ядер, а при использовании класса G7_q резервируется 12 ядер. Если задание многошаговое, то %nprocL и %nprocS указываются для каждого шага, число заказываемых узлов будет равно максимальному из всех найденных %nprocL. Новый синтаксис задания, когда параметр %nprocL заменяется на %LindaWorkers, в данной пускалке (subg09l) не используется, возможно, что в дальнейшем при необходимости будет добавлено автоматическое препроцессирование входного файла Gaussian09.
Дополнительные параметры:
-t - время в часах (суммарное по всем процессам), по умолчанию 240000 часов.
subg09l -t 1200 test_h2o.com
-s – директория для временных файлов, по умолчанию локальная, /tmp на каждом узле.
subg09l -s /ifs/home/ic/shubin/storage test_h2o.com
Не использовать Rsockets over Infiniband.
subg09l -nors test_h2o.com
Не использовать IPoIB.
subg09l -if dflt test_h2o.com
Замечание: чтобы всё время не набирать полный путь к команде запуска,
/ifs/apps/g09/bsd/subg09l
удобно один раз создать к ней линк в своей домашней директории.
mkdir -p ~/bin
ln -s /ifs/apps/g09/bsd/subg09l ~/bin/subg09l
После чего можно набирать subg09l вместо /ifs/apps/g09/bsd/subg09l.
Старый сайт